Probiyotikler konak canlıyı patojenlere karşı koruyarak ve immün sistemini güçlendirerek etki gösterirler. Doğumda steril olan GİS kolonizasyonu doğumdan hemen sonra maternal, vajinal ve intestinal flora ile başlamaktadır. Diğer kaynaklar diyet ve çevredir.
Gelişmiş ve gelişmekte olan ülkelerde doğan çocukların bağırsak florası değişiktir.
Anne sütüyle beslenen bebeklerde Bifidobacterium baskınlığı olurken, mama ile beslenenlerde Enterobacteriaceae, Bacterioides, Clostridiumlar, Lactobacillus, Bifidobacterium ve streptokokları içeren kompleks bakteriyel flora baskınlığı olmaktadır.
Probiyotik bakterileri epiteliyal hücre gen ekspresyonunu yönetirler. Uygun flora oluşturarak daha sonra gelecek patojen bakterilerin üremesine engel olmaktadırlar.